چندین نوع کرونا ویروس می توانند انسان را آلوده کنند. تعدادی از آنها منجر به بیماری خفیف می شوند، در حالیکه برخی نظیر MERS-CoV و SARS-CoV مرگ و میر بالایی دارند. در دسامبر سال ۲۰۱۹، گروهی از بیماران مبتلا به کروناویروس جدید (novel coronavirus, 2019 nCoV) در ووهان، چین مشخص شدند. این ویروس توسط کمیته بین المللی طبقه بندی ویروس ها، SARS-CoV-2 نامگذاری شده است. در این متن از این ویروس با عنوان کووید-۱۹ (COVID-19) نام برده می شود که نام ترجیحی سازمان بهداشت جهانی است.هدف
هدف از این مطب ارائه راهنمایی به آزمایشگاه های تشخیص مولکولی و ذینفعان در رابطه با تست های مولکولی ویروس COVID-19 است.
ایمنی زیستی (BioSafety)
کار با نمونه برای آزمایش های مولکولی نظیر تعیین توالی یا تست تقویت اسید نوکلئیک (Nucleic Acid Amplification Tests, NAAT) نیاز به امکانات BSL-2 یا معادل آن دارد. تلاش برای کشت ویروس یا تست های خنثی سازی حداقل به امکانات BSL-3 نیاز دارند.
باید از ضد عفونی کننده های مناسب با فعالیت اثبات شده در برابر ویروس های پاکت دار (enveloped) استفاده شود. به عنوان مثال: هیپوکلریت، الکل، پراکسید هیدروژن، و ترکیبات فنلی.
نمونه های موارد مشکوک یا تأیید شده باید به عنوان UN3373(مواد بیولوژیک طبقه B ) و نمونه های کشت ویروسی باید به عنوان گروهA ، UN2814 (ماده عفونی، با تأثیر بر انسان) در نظر گرفته شوند.
نوع نمونه مناسب برای تستهای مولکولی
جدول شماره ۱ نوع نمونه و زمان نمونه برداری را به تفکیک شرایط فرد (بیمار یا فرد در تماس) نشان میدهد.
نمونه ها باید در اسرع وقت پس از جمع آوری به آزمایشگاه برسند. نمونه هایی که سریعاً به آزمایشگاه تحویل داده می شوند را می توان در دمای ۸-۲ درجه سانتی گراد نگه داری و ارسال کرد. هرگاه احتمال تاخیر در ارسال نمونه وجود داشته باشد، استفاده از محیط انتقالی ویروسی (viral transport medium, VTM) حاوی مکمل های ضد قارچ و آنتی بیوتیک قویا توصیه می شود. چنانچه VTM در دسترس نباشد، ممکن است بتوان از سالین استریل استفاده کرد. نمونه ها را میتوان در ۲۰- درجه سانتی گراد یا به طور ایده آل در ۷۰- درجه سانتی گراد منجمد کرده و روی یخ خشک حمل نمود. اهمیت دارد که که از انجماد و ذوب مکرر نمونه ها خودداری شود.تست های تقویت اسید نوکلئیک )NAAT ( برای ویروس کووید-۱۹
تأیید تشخیص بیماران مبتلا بر اساس شناسایی توالی ژن های منحصر به فرد ویروس با روش های NAAT مانند واکنش زنجیره پلیمراز معکوس در زمان واقعی )real-time reverse (transcriptase polymerase chain reaction, rRT-PCR است که می تواند با تعیین توالی (sequencing) تایید نهایی شود. اسید نوکلئیک مورد استفاده RNA است و ژن های ویروسی که تاکنون با این روش ها مورد هدف قرار گرفته اند شامل ژن هایN ،E ،S و RdRP هستند. به زبان ساده، شناسایی نواحی مختص کووید-۱۹ در این ژن ها بیانگر آلودگی فرد با کووید-۱۹ است. شکل شماره ۱، قرارگیری این ژن ها در کنار یکدیگر را نشان می دهد. ژنوم بالایی مربوط به کووید-۱۹ و ژنوم پایینی مربوط به ویروس SARS است.
جدول شماره ۲. خلاصه پروتوکل های موجود از تست های مولکولی مبتنی بر NAAT
در مناطقی که کووید-۱۹ انتشار دارد، یک نتیجه مثبت به روش rRT-PCR برای تایید تشخیص کافی است.تفسیر نتیجه منفی تست های تقویت اسید نوکلئیک )NAAT(
در مناطقی که کووید-۱۹ انتشار دارد، یک یا چند نتیجه منفی احتمال عفونت با کووید-۱۹ را رد نمیکند. تعدادی از مهمترین عواملی که میتوانند منجر به نتیجه منفی در یک فرد آلوده شوند، به این شرح هستند:
- کیفیت پایین یا مقدار اندک نمونه. برای بررسی کیفیت اسید نوکلئیک توصیه می شود که یک ژن انسانی به طور همزمان به عنوان کنترل روی نمونه تست شود.
- جمع آوری نمونه خیلی زود یا خیلی دیر در سیر بیماری
- نگه داری یا حمل و نقل نادرست نمونه
- دلایل فنی مانند جهش های ویروسی یا مهارکننده های PCR
در صورتی که نتیجه منفی از بیمار مبتلا با شک بالینی قوی به عفونت با ویروس به دست آید، به ویژه هنگامی که فقط نمونه های دستگاه تنفسی فوقانی جمع آوری شده باشند، باید نمونه های اضافی از جمله از دستگاه تنفسی تحتانی در صورت امکان جمع آوری و آزمایش شوند.
توالی یابی ژنوم ویروس (viral sequencing)
علاوه بر تأیید حضور ویروس با روش NAAT، تعیین توالی درصدی از نمونه ها در دوره های منظم می تواند برای پایش از جهت ایجاد جهش های تازه در ژنوم ویروسی مفید باشد. این موضوع از این جهت حائز اهمیت است که ایجاد جهش های تازه ممکن است روی عملکردهای متقابل پزشکی از جمله کارایی تست های تشخیصی و نیز سیر مطالعات اپیدمیولوژیک مولکولی اثر بگذارند.
آزمایشگاه تخصصی دکتر صادقیان، مفتخر به اخذ ایزو ۹۰۰۱ و ایزو ۱۵۱۸۹ انگلستان، تحت نظر دکتر حامد صادقیان، متخصص پاتولوژی سرجیکال و کلینیکال، بالغ بر هزار مورد از آزمایشات مختلف را در زمینه های پاتولوژی، سیتولوژی و میکروبیولوژی، تحت پوشش قرار می دهد.
آزمایشگاه دکتر صادقیان طرف قرارداد بیمه های پایه و اکثر بیمه های مکمل درمان می باشد.
آدرس: مشهد – بلوارامامت – نبش امامت ۳۴ – ساختمان پزشکان امامت
شماره تماس: ۰۵۱-۳۶۰۱۷۸۵۱ و ۰۵۱-۳۶۰۱۷۸۵۲
